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植物學專業 (碩士學位點071001)含植物多樣性、植物生理學兩個研究方向。

植物多樣性：針對中國東北植物區系起源、發生和地理聯系以及東北主要植物類群進行分類及系統演化研究，重點進行專科屬及特有植物的研究;對中國東北主要植被類型進行生物多樣性以及譜系結構研究，為中國東北地區植物資源合理利用及生物多樣性保護奠定基礎，為國家決策提供基礎數據。

植物生理學：以我國中高緯度溫帶森林生態系統中的木本植物為主要研究對象，以植物生理學技術手段研究我國東北地區林業相關的重要問題，探討土壤-植被-大氣連續體中植物在個體和群落水平上的水分吸收、傳導和散失的生理學過程和樹木水分平衡的維持機制，從水分生理角度揭示森林對全球變化和人類活動等干擾的響應機制。

微生物學專業(碩士、博士學位點071005)含微生物資源與微生物生態學、環境微生物學、農業微生物學、系統分類學、生物工程五個研究方向。

微生物資源學與微生物生態學：以微生物資源學和微生物生態學為主要研究方向，以現代分子生物學、分子生態學研究技術和方法為基礎，開展微生物新資源研究與開發、微生物系統學以及微生物生態學等基礎與應用基礎研究工作;同時開展以微生物資源及其代謝產物為核心的抗腫瘤生物新藥及其新型生物佐劑的研發工作;開展以微生物為核心的人類及動物益生菌劑及其相關產品的基礎與應用基礎的研究工作。研究典型生態系統土壤微生物群落結構組成和變化規律;微生物來源碳氮的周轉和截獲情況以及微生物群落和其生境角色對全球變化的響應與轉變。

環境微生物學: 以污染環境治理/修復與土壤碳氮循環中的關鍵微生物過程為研究對象,利用現代微生物學及分子生物學方法和手段，開展環境微生物學理論和應用技術方面的創新性研究工作，重點開展了污水生物凈化、污染土壤/水體生態修復、溫室氣體的產生機制與控制、土壤物質循環及土壤改良、礦物資源和石油開采、廢棄物資源化利用、環境監測與評價等方面的微生物學理論、技術及應用研究工作。

農業微生物學：以土壤及其海洋微生物資源為基礎，結合農業生產實際需求，重點開展多功能微生物肥料、微生物菌劑及其生物農藥研發等基礎和應用基礎的研究工作;開展以微生物修復技術為核心的污染環境和退化農田土壤及其農藥污染土壤的生物修復技術及其相關產品的研發工作;開展針對農作物病蟲草害生物防治開發新型微生物源制劑及其相關新產品研發等方面的研究工作。

系統分類學: 以長期、連續、系統的野外調查、采集為基礎，全面、系統研究了我國木生真菌的物種多樣性，對重要經濟真菌如靈芝、桑黃等數十個真菌類群的系統發育關系進行了修訂。在此基礎上對我國溫帶、寒溫帶木生真菌區系和生態分布進行了研究，開展了我國木生真菌的遺傳學、致病木生真菌的病原學、食藥用真菌和生物工程真菌資源等方面一系列的研究工作。

生物工程：以現代微生物工程理論和技術(基因工程、細胞工程、酶工程、微生物工程)為研究手段，研究維生素C、多種氨基酸、有機酸，不飽和脂肪酸等產生菌的代謝、調控及工程菌的構建;研究篩選新型生物活性物質，應用現代生物技術改造傳統食品、生物藥物，并開展環境保護及研制新型生物農藥及生物肥料等。

生態學專業 (碩士、博士學位點071300) 含森林生態學、恢復生態學、生態系統生態學、區域與景觀生態學、農業生態學研究方向。

森林生態學：針對森林生態系統在維持生物多樣性、生長固碳、涵養水源和促進物質循環等生態功能研究中的前沿科學問題，以森林資源的可持續管理為目標，重點研究森林生態系統結構、功能與動態演替;森林生態系統生物多樣性及復雜性;森林健康評價與管理;森林質量、景觀格局及環境效應;森林水生昆蟲生態;森林界面生態過程;森林對全球氣候變化的響應;運用穩定同位素自然豐度和標記技術，研究森林生態系統碳氮循環及其對全球變化和管理的響應;樹木生理生態特性及抗逆性機制與調控;天然林經營管理與保護對策;人工林生態管理理論與技術;城市森林結構及生態服務功能等基礎和應用性工作。

恢復生態學：研究防護林構建、經營及其生態學基礎;防護林生態系統健康管理的理論與技術;防護林生態環境效應評估理論與技術;林木種質資源選育及優化組合利用技術;土地荒漠化形成的生態學機制及防治技術。生態系統退化過程與恢復與植被重建途徑;草地植物適應對策和草地植被多樣性維持機制;沙地植被演替與人工植被穩定性;沙地生態系統生態需水與植被配置;退化草地的養分循環和調控機制;草地荒漠化監測。

生態系統生態學：以森林和草地生態系統結構和功能及其對全球變化和生態系統管理措施的響應為研究重點，研究生態系統的組成要素、分布、結構與功能及其內在聯系，系統的發展與演替，系統內和系統間的能量流動和物質循環過程及其對自然和人為因素變化的響應與適應機制。

農業生態學：研究農業生態系統的養分及水分循環;農業生態系統的結構與功能;農業系統的能量流動，生態農業與農業生態工程;人類活動對農業生態系統生產力及生態環境的長期影響及植物根系與土壤界面在調解和控制生態過程中的作用與機制;根系動態對土壤碳氮轉化的影響以及微生物群落的調控;土壤生物區系和生化過程對植物生長的反饋等。

區域與景觀生態學：以森林、濕地、城市等景觀或區域為研究對象，圍繞不同時空尺度景觀格局與生態過程關系，以野外考察、遙感、地理信息系統和全球定位系統(3S)技術為主要手段，建立景觀指標體系與空間直觀模型，進行區域景觀評價與生態安全、區域景觀格局變化與全球變化、區域生態規劃與生態建設、自然保護區與森林公園的保護與生態旅游研究、區域產業共生與節能減排模式;生態補償的理論與方法等。

環境科學專業 (碩士、博士學位點083001)含區域環境與污染生態、環境過程與環境毒理、環境修復與環境工程及環境質量與食品安全四個研究方向。

區域環境與污染生態: 以區域環境安全為主要研究目標，針對制約經濟發展及影響人類生存的水土環境污染問題，緊密結合國家與區域需求，利用生態學的原理和方法，闡明污染物在生態系統中的循環過程及生態效應，發展區域環境風險評價方法，研究區域環境污染形成機理與控制技術。重點研究東北老工業基地環境污染特征與時空演變;遼河流域區域尺度水土環境污染過程與生態保護;提出區域循環經濟發展模式及優化演變路徑等理論與方法。

環境過程與環境毒理: 以長期污染、復合污染的土壤-水-生物系統為主要研究對象，開展典型污染物界面反應和在分子尺度上的賦存形態、污染物在多孔介質中的遷移機制和模型模擬、污染物的生物吸收和毒性效應、污染物交互作用與復合效應等研究。重點研究污染物的界面過程、孔隙遷移、生物有效性、陸生及水生生態毒理、生物對污染物的毒害響應與適應、污染物的微生物降解途徑及相關分子生物學機理等，為污染土壤和水體的生物及物理化學修復奠定理論和技術基礎。

環境修復與環境工程：針對東北老工業基地的水土污染問題，以遼寧中部城市群的油田區、污灌區及遼河水系為重點，在污水處理與水環境修復方面，開展污水處理生物反應器的設計與應用，進行河流修復機理及區域尺度生態設計;在土壤環境保護方面，篩選重金屬超積累植物，闡明植物-微生物聯合修復機制，提出土壤重金屬污染修復的理論和技術。

環境質量與食品安全(碩士): 以農產品產地環境和食品生產過程為研究對象，以現代分析技術和化學計量學為主要研究手段，開展從產地環境、農產品生產過程到最終產品的全過程質量控制技術研究。主要研究內容包括危害物的色譜、光譜及分子印跡分析技術和方法;土壤環境對農產品質量安全影響及閾值;重金屬污染源解析;食品摻假鑒定和產地溯源等技術;食品安全風險評估和品質評價技術及模型;食品及環境安全技術指標及方法標準等。

土壤學專業(碩士、博士學位點090301)含土壤生物化學與生物地球化學、土壤生態學、土壤植物營養與肥料三個研究方向。

土壤生物化學與生物地球化學：主要研究人類活動對土壤物質循環過程的影響、生物與受人類干預的土壤環境之間相互作用機理及其調控途徑、不同來源氮素的轉化特征和微生物學驅動機制、土壤碳氮的微生物代謝過程以及在土壤碳氮循環中的功能。同時系統開展了農田土壤碳氮的微生物轉化過程、穩定機制和調控研究，明確碳氮協同作用機制及對土壤有機氮庫更新過程的影響，闡明土壤氮素高效利用的調控機制。

土壤生態學：以土壤生物群落和土壤食物網為研究對象，系統開展土壤生物多樣性及其生態功能、土壤生物群落對全球變化的響應與適應機制、土壤團聚體形成及其生物穩定性機制、土壤動物生態毒理效應、土壤健康質量與農產品安全生產技術體系研究，為揭示土壤生態系統關鍵物質循環過程機制和生態系統管理提供科學依據。

土壤植物營養與肥料：以我國主要農用土壤和主栽作物為供試對象，重點開展碳氮磷循環與調控途徑機制、新型穩定性肥料研究與應用、主要糧食作物和蔬菜化肥減施增效技術模式研究與示范。探明了脲酶抑制劑與硝化抑制劑協同作用增效機理，建立相應的氮、磷化學肥料的酶學調節、物理包被、和化學改性的技術體系，研制能符合作物吸肥規律和保持或提高土壤質量的環境友好型穩定性肥料、專用肥料、及生物-有機-無機復混肥料等新型肥料。

森林培育學專業(碩士學位點090702)含森林培育與管理、次生林恢復與經營兩個研究方向。

森林培育與管理：研究森林生態功能維持、利用、經營及保護的理論與技術體系;森林在洪澇災害防治、生物多樣性保護、全球碳平衡、水生態安全等方面的貢獻;森林保護工程綜合效益評價;天然林資源可持續經營決策支持系統等。

次生林恢復與經營：研究次生林結構與主要功能的關系;闡明次生林樹種共存機制(組成結構)、自然演替過程及驅動機制(空間結構)，以及結構調控對更新演替的作用機制;探明自然干擾(極端氣候事件、全球變化)與人為干擾對次生林生物多樣性變化過程、主要種群或群落更新演替過程的影響規律;研究次生林培育理論與技術;森林資源綜合利用開發試驗示范等。

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